El sistema de rchivos FAT32 se introdujo en Windows 95 OSR2. También es compatible con Windows 98/Me/2000/XP/Vista. FAT32 es una versión desarrollada de FAT16. Sus diferencias principales con respecto a FAT16 son el número de clústeres de 28 bits y una raíz más flexible, cuyo tamaño es ilimitado. Las razones por las cuales apareció FAT32 fueron la necesidad de compatibilidad de discos duros grandes (más de 8 GB de capacidad) y la imposibilidad de implementar cualquier sistema de archivos más complejo en MS-DOS, el cual es todavía la base de Windows 98/Me. El tamaño máximo del disco en FAT32 es 2 terabytes (1 terabyte, o TB, es igual a 1024 gigabytes, o GB).